Исчезновение Харухи Судзумии

Кёну приходится жить в мире, где Харухи Судзумии больше нет. Она просто исчезла, и вместе с ней исчезли все странности, которые она притягивала. Мир стал обычным, скучным и предсказуемым. Юки Нагато теперь обычная застенчивая девчонка, которая краснеет от любого взгляда. Микуру Асахина не помнит никаких путешествий во времени, а Ицки Коидзуми и вовсе перевёлся в другую школу. Кён чувствует пустоту. Он понимает, что потерял не просто одноклассницу, а целую вселенную, полную абсурда и чудес. Ему не хватает её капризов, её безумных идей, её требований вступить в бригаду SOS. Без неё его жизнь превратилась в серую плёнку. Он пытается найти её, но никто не знает, кто она. Даже её родители не помнят, что у них была дочь. Кён остаётся один на один с тишиной и осознанием того, что он променял хаос на покой. И этот покой его убивает.

В отчаянной попытке всё исправить Кён находит убежище в библиотеке, где встречает ту самую Юки Нагато, которая всё помнит. Она не обычная девушка, а инопланетный интерфейс, изменивший реальность. Она даёт ему шанс. Кён оказывается в странном пространстве между мирами, где время течёт иначе. Ему нужно найти ключ, чтобы вернуть Харухи. Но цена высока. Он сталкивается с версией Юки, которая устала быть наблюдателем и хочет жить по-человечески. Она предлагает ему остаться в этом тихом мире, где нет ни инопланетян, ни путешественников во времени, ни экстрасенсов. Кён колеблется. Он видит, как счастлива эта новая Юки, как она улыбается. Но он принимает решение. Он выбирает шум, безумие и Харухи. Он ломает программу, и реальность начинает перестраиваться. Мир возвращается к своему хаотичному состоянию, и Кён снова видит её. Харухи стоит на пороге школы и требует, чтобы он немедленно шёл с ней. И он улыбается.