Изгнанные из рая

В городе Курохане живёт обычный парень по имени Кей Нагаи. Его жизнь состоит из учёбы и неловких попыток общения с одноклассницей Мицуки. Всё меняется в один день, когда на город обрушивается атака гигантских механических существ. Хаос и разрушение прерываются появлением таинственной девушки в чёрном. Её зовут Мэмэ Осиро, и она с холодной эффективностью уничтожает угрозу, демонстрируя силу, далёкую от человеческой. Кей оказывается в эпицентре событий, и его тело начинает претерпевать странные изменения. Он обнаруживает, что может видеть невидимые для других структуры, сложные коды, управляющие реальностью. Мэмэ называет его «артефактом» и заявляет, что он является целью для тех самых существ, что атаковали город. Она настаивает на его немедленной изоляции ради его же безопасности, но Кей отказывается покидать свой дом и свою жизнь.

Конфликт обостряется с прибытием ещё одной девушки, Юрико Нисиморы. Она представляет организацию «АЛЬТА», и её методы прямо противоположны подходу Мэмэ. Юрико считает, что Кей должен научиться контролировать свои пробуждающиеся способности, а не быть заточённым в клетке. Между двумя защитницами разворачивается идеологическая война за право распоряжаться судьбой парня. Мэмэ видит в нём лишь угрозу, подлежащую контролю, а Юрико — уникальный шанс для человечества. Кей же зажат между ними, пытаясь осознать, что он такое на самом деле. Он не хочет быть ни оружием, ни экспериментом. Ему приходится балансировать на тонкой грани, пытаясь сохранить связь с Мицуки и своим старым «я», в то время как город снова и again становится полем битвы для сил, масштаб которых он только начинает понимать. Его собственные силы растут непредсказуемо, заставляя задаваться вопросом, осталось ли в нём что то от прежнего Кея.