Синдзи Икэри получает странный телефонный звонок. Голос на другом конце провода сообщает, что его отец мертв. Это ложь, но она затягивает парня в водоворот событий, где правда оказывается куда страшнее. Он приезжает в Токио-3, город, который регулярно атакуют таинственные Ангелы. Здесь его ждет холодный, отчужденный отец, Гэндо, командующий организацией «Нерва». Он предлагает Синдзи пилотом гигантского биоробота, Евангелиона Модели 01. Это не простая машина. Она сражается в мучительной, почти интимной схватке с Ангелами, а пилот ощущает каждую боль, каждый удар так, будто это происходит с его собственным телом. Синдзи отказывается. Он напуган, сломлен, он не герой. Но когда следующий Ангел угрожает уничтожить всех, включая девушку Рэй Аянами, молчаливую и загадочную пилотшу, стоящую рядом с ним, Синдзи делает выбор. Он садится в кабину. Не из храбрости, а из отчаяния и смутного чувства долга. Так начинается его путь, где каждое сражение это не триумф, а травма, оставляющая глубокие шрамы на психике.

Токийский мегаполис становится ареной для войны, которая давно перестала быть просто физической. Пока Евы сражаются с Ангелами, внутри «Нервы» разворачиваются свои битвы. Отношения Синдзи с окружающими это минное поле. Рэй, живущая по соседству, кажется пустой оболочкой, слепо преданной Гэндо. Аска Лэнгли Сорью, вторая пилотша, блестящая и агрессивная, скрывает за маской уверенности свои демоны. Мисато Кацураги, их опекунша, пытается быть мостом между ними, но и она несет груз личной трагедии. Синдзи ищет простого человеческого тепла, одобрения, причины, чтобы продолжать. Но его отец видит в нем лишь инструмент, винтик в грандиозном, безжалостном плане под названием «Проект по инструментальности человечества». С каждым боем граница между человеком и машиной, между болью и целью, все больше стирается. Финал это не развязка в привычном смысле. Это катарсис, вывернутый наизнанку. Психоаналитический взрыв, где персонажи сталкиваются с самыми темными уголками своей души, а зритель остается с вопросами, а не ответами. Что такое личность? Стоит ли существование той боли, что оно приносит? И можно ли, в конце концов, найти в себе силы прикоснуться к другому человеку, зная, что это может снова причинить боль?